畜禽糞便既是寶貴的資源，又是一個(gè)嚴(yán)重的污染源，如不經(jīng)妥善處理即排放，對環(huán)境有以下幾方面的影響：一是長期堆放，緩慢腐熟發(fā)出的惡臭味，影響空氣質(zhì)量。二是大量糞便的產(chǎn)生和積聚，又成為孳生蚊蠅、細(xì)菌繁殖和傳播疾病的傳染源。三是畜禽高度密集，廄舍內(nèi)潮濕，灰塵、糞便、霉變墊料及呼出的CO2等，散發(fā)出惡臭氣，影響畜禽生長和人體健康。四是畜禽糞便堆放及清糞沖洗極易進(jìn)入水體，未經(jīng)處理的畜禽污水中含有大量的氮、磷，會(huì)造成水體富營養(yǎng)化。有關(guān)研究證實(shí)，畜禽糞便進(jìn)入水體的流失率可達(dá)25--30%。我國農(nóng)業(yè)氮肥的流失率一般在8--20%，磷肥流失率約為5%，而畜禽糞便中氮、磷的流失量分別為化肥流失量的122%和132%。畜禽養(yǎng)殖污染正日益成為我國水源的主要污染威脅。僅在上海，該行業(yè)的污染量就占到黃浦江污染負(fù)荷的36%。
